MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Halobacillus halophilus DSM 2266 plasmid PL16

Total Repeats: 154

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017669	ATGA	2	8	371	378	50 %	25 %	25 %	0 %	386716457
2	NC_017669	GAA	2	6	397	402	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716457
3	NC_017669	A	6	6	419	424	100 %	0 %	0 %	0 %	386716457
4	NC_017669	ACT	2	6	448	453	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386716457
5	NC_017669	GACG	2	8	524	531	25 %	0 %	50 %	25 %	386716457
6	NC_017669	CAAC	2	8	535	542	50 %	0 %	0 %	50 %	386716457
7	NC_017669	A	6	6	545	550	100 %	0 %	0 %	0 %	386716457
8	NC_017669	AAAGA	2	10	563	572	80 %	0 %	20 %	0 %	386716457
9	NC_017669	TCAA	2	8	600	607	50 %	25 %	0 %	25 %	386716457
10	NC_017669	A	7	7	626	632	100 %	0 %	0 %	0 %	386716457
11	NC_017669	AAC	2	6	686	691	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716457
12	NC_017669	GCA	3	9	728	736	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716457
13	NC_017669	TAA	2	6	805	810	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386716457
14	NC_017669	TCG	2	6	851	856	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386716457
15	NC_017669	CA	3	6	3109	3114	50 %	0 %	0 %	50 %	386716458
16	NC_017669	GAA	2	6	3119	3124	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716458
17	NC_017669	GA	4	8	3149	3156	50 %	0 %	50 %	0 %	386716458
18	NC_017669	GAAA	2	8	3161	3168	75 %	0 %	25 %	0 %	386716458
19	NC_017669	GCA	2	6	3177	3182	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716458
20	NC_017669	CGA	2	6	3320	3325	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716458
21	NC_017669	GCA	2	6	3348	3353	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716458
22	NC_017669	GGC	2	6	3368	3373	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386716458
23	NC_017669	ACA	2	6	3383	3388	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716458
24	NC_017669	ACC	3	9	3396	3404	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386716458
25	NC_017669	ACCA	2	8	3540	3547	50 %	0 %	0 %	50 %	386716458
26	NC_017669	CGG	2	6	3593	3598	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386716458
27	NC_017669	GTA	2	6	3600	3605	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386716458
28	NC_017669	TAT	2	6	3654	3659	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386716458
29	NC_017669	TTA	2	6	3661	3666	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386716458
30	NC_017669	AGG	2	6	3719	3724	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386716458
31	NC_017669	AAT	2	6	3730	3735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386716458
32	NC_017669	TAA	2	6	3742	3747	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386716459
33	NC_017669	AG	3	6	3770	3775	50 %	0 %	50 %	0 %	386716459
34	NC_017669	GA	3	6	3796	3801	50 %	0 %	50 %	0 %	386716459
35	NC_017669	AGC	3	9	3897	3905	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716459
36	NC_017669	AGGAG	2	10	3910	3919	40 %	0 %	60 %	0 %	386716459
37	NC_017669	ATCA	2	8	5267	5274	50 %	25 %	0 %	25 %	386716460
38	NC_017669	A	6	6	5287	5292	100 %	0 %	0 %	0 %	386716460
39	NC_017669	AAAAG	2	10	5313	5322	80 %	0 %	20 %	0 %	386716460
40	NC_017669	AAG	4	12	5320	5331	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716460
41	NC_017669	TTTGGG	2	12	5357	5368	0 %	50 %	50 %	0 %	386716460
42	NC_017669	TAATCG	2	12	5378	5389	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386716460
43	NC_017669	GGC	2	6	5407	5412	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386716460
44	NC_017669	ACG	2	6	5441	5446	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716460
45	NC_017669	GAA	2	6	5521	5526	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716460
46	NC_017669	GAA	2	6	5533	5538	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716460
47	NC_017669	GAA	2	6	5545	5550	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716460
48	NC_017669	GAC	2	6	5830	5835	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716460
49	NC_017669	AGG	2	6	5895	5900	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386716460
50	NC_017669	ATT	2	6	6112	6117	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386716461
51	NC_017669	TC	3	6	6136	6141	0 %	50 %	0 %	50 %	386716461
52	NC_017669	AAT	2	6	6145	6150	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386716461
53	NC_017669	ATC	2	6	6181	6186	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386716461
54	NC_017669	AGC	2	6	6255	6260	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716461
55	NC_017669	AGC	2	6	6333	6338	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716461
56	NC_017669	TTA	2	6	6398	6403	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386716461
57	NC_017669	ATC	2	6	6447	6452	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386716461
58	NC_017669	ATT	2	6	6460	6465	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386716461
59	NC_017669	TTC	2	6	6513	6518	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386716461
60	NC_017669	GAA	2	6	6530	6535	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716461
61	NC_017669	T	6	6	6686	6691	0 %	100 %	0 %	0 %	386716461
62	NC_017669	T	7	7	6810	6816	0 %	100 %	0 %	0 %	386716461
63	NC_017669	CGTTT	2	10	6822	6831	0 %	60 %	20 %	20 %	386716461
64	NC_017669	TGT	2	6	6889	6894	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386716461
65	NC_017669	T	8	8	6906	6913	0 %	100 %	0 %	0 %	386716461
66	NC_017669	AGA	2	6	6939	6944	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716461
67	NC_017669	TTTA	2	8	6951	6958	25 %	75 %	0 %	0 %	386716461
68	NC_017669	AAGTT	2	10	7022	7031	40 %	40 %	20 %	0 %	386716461
69	NC_017669	CTT	2	6	7055	7060	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386716461
70	NC_017669	TCT	2	6	7082	7087	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386716461
71	NC_017669	GAA	2	6	7135	7140	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716461
72	NC_017669	TCC	2	6	7155	7160	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386716461
73	NC_017669	CAA	2	6	7175	7180	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716461
74	NC_017669	AAT	2	6	7208	7213	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386716461
75	NC_017669	AGA	2	6	8623	8628	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716462
76	NC_017669	AAC	2	6	8666	8671	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716462
77	NC_017669	AGAGG	2	10	8675	8684	40 %	0 %	60 %	0 %	386716462
78	NC_017669	CAT	2	6	10710	10715	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386716463
79	NC_017669	ATG	2	6	10721	10726	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386716463
80	NC_017669	GGA	2	6	10763	10768	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386716463
81	NC_017669	AGAC	2	8	10800	10807	50 %	0 %	25 %	25 %	386716463
82	NC_017669	CGA	2	6	10811	10816	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716463
83	NC_017669	GCA	2	6	10833	10838	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716463
84	NC_017669	ACA	2	6	10896	10901	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716463
85	NC_017669	ACG	2	6	11003	11008	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716463
86	NC_017669	GAG	3	9	11020	11028	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386716463
87	NC_017669	CGA	2	6	11109	11114	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716463
88	NC_017669	GCA	2	6	11133	11138	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716463
89	NC_017669	GAA	2	6	11152	11157	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716463
90	NC_017669	CTC	2	6	11179	11184	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386716463
91	NC_017669	AAC	2	6	11204	11209	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716463
92	NC_017669	AAC	3	9	11219	11227	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716463
93	NC_017669	GCA	2	6	11229	11234	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716463
94	NC_017669	CTC	2	6	11254	11259	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386716463
95	NC_017669	AAG	4	12	11273	11284	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716463
96	NC_017669	GA	3	6	11301	11306	50 %	0 %	50 %	0 %	386716463
97	NC_017669	GAA	2	6	11308	11313	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716463
98	NC_017669	AGC	3	9	11322	11330	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716463
99	NC_017669	GCA	2	6	11338	11343	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716463
100	NC_017669	GAA	2	6	11347	11352	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716463
101	NC_017669	GCA	2	6	11356	11361	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716463
102	NC_017669	ACA	2	6	11378	11383	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716463
103	NC_017669	GAC	2	6	11392	11397	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716463
104	NC_017669	ACG	2	6	11414	11419	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716463
105	NC_017669	ACA	2	6	11424	11429	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716463
106	NC_017669	AGC	2	6	11441	11446	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716463
107	NC_017669	T	6	6	11470	11475	0 %	100 %	0 %	0 %	386716463
108	NC_017669	GGA	2	6	11517	11522	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386716464
109	NC_017669	AGT	2	6	11524	11529	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386716464
110	NC_017669	AGC	2	6	11558	11563	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716464
111	NC_017669	AGAA	2	8	11567	11574	75 %	0 %	25 %	0 %	386716464
112	NC_017669	GGC	2	6	11586	11591	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386716464
113	NC_017669	AAAG	2	8	11659	11666	75 %	0 %	25 %	0 %	386716464
114	NC_017669	CAA	2	6	11674	11679	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716464
115	NC_017669	AG	3	6	11692	11697	50 %	0 %	50 %	0 %	386716464
116	NC_017669	TTTA	2	8	12066	12073	25 %	75 %	0 %	0 %	386716465
117	NC_017669	GAC	2	6	12122	12127	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716465
118	NC_017669	CGA	2	6	12166	12171	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716465
119	NC_017669	AAG	2	6	12182	12187	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716465
120	NC_017669	AAT	2	6	12331	12336	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386716465
121	NC_017669	AG	3	6	12416	12421	50 %	0 %	50 %	0 %	386716465
122	NC_017669	CAAA	2	8	12446	12453	75 %	0 %	0 %	25 %	386716465
123	NC_017669	AAC	2	6	12549	12554	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716465
124	NC_017669	GAC	2	6	12562	12567	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716465
125	NC_017669	GGA	2	6	12637	12642	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386716465
126	NC_017669	AGC	2	6	12673	12678	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716465
127	NC_017669	AGG	2	6	12784	12789	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386716465
128	NC_017669	TCG	2	6	12795	12800	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386716465
129	NC_017669	ATT	2	6	12882	12887	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386716465
130	NC_017669	GCA	2	6	15069	15074	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716466
131	NC_017669	GA	3	6	15111	15116	50 %	0 %	50 %	0 %	386716466
132	NC_017669	AAC	2	6	15159	15164	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716466
133	NC_017669	ACG	2	6	15200	15205	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716466
134	NC_017669	TAC	2	6	15224	15229	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386716466
135	NC_017669	GAG	2	6	15275	15280	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386716466
136	NC_017669	TTA	2	6	15326	15331	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386716466
137	NC_017669	AC	3	6	15336	15341	50 %	0 %	0 %	50 %	386716466
138	NC_017669	AGG	2	6	15342	15347	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386716466
139	NC_017669	GAA	2	6	15449	15454	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716466
140	NC_017669	ACC	2	6	15513	15518	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386716466
141	NC_017669	GGAG	2	8	15533	15540	25 %	0 %	75 %	0 %	386716466
142	NC_017669	A	7	7	15541	15547	100 %	0 %	0 %	0 %	386716466
143	NC_017669	TTA	2	6	15555	15560	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386716466
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147	NC_017669	CATT	2	8	15657	15664	25 %	50 %	0 %	25 %	386716466
148	NC_017669	GAG	2	6	15683	15688	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386716466
149	NC_017669	GAG	2	6	15704	15709	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386716466
150	NC_017669	AAT	2	6	15766	15771	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386716466
151	NC_017669	TA	3	6	15818	15823	50 %	50 %	0 %	0 %	386716466
152	NC_017669	GCA	2	6	15947	15952	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716466
153	NC_017669	A	7	7	15956	15962	100 %	0 %	0 %	0 %	386716466
154	NC_017669	ATA	2	6	15976	15981	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386716466

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.